Qual a diferença entre baixar o módulo no Github e fazer a instalação no Magento Marketplace?

Fazendo o download no Github você terá a versão mais recente. Isso porque é mais fácil publicar a nova versão pelo github do que no Magento Marketplace.

Além disso, entendo que as pessoas que baixam diretamente do github tem mais conhecimento técnico do que aquelas que baixam pelo Marketplace. Por isso, muitas vezes costumo esperar o feedback destes usuários antes de publicar no Marketplace.

Pelo github agora também é possível realizar a instalação do módulo para Magento 1 utilizando modman.

modman init
modman clone [e-mail]:r-martins/PagSeguro-Magento-Transparente.git

Lembre-se que você geralmente precisará do módulo PRO para aceitar pagamentos com Boleto, TEF e Retentativa de Pagamento. O módulo PRO é somente enviado por e-mail após o terceiro passo da instalação.